17世纪初期，藏巴汗彭措南杰掌握了西藏地方政权，在后藏日客则建立了一所医学校。这是官办医学校之始。后来五世达赖洛桑嘉措（1617-1682年）在前藏哲蚌寺甘丹颇章北面建立了卓潘岭医学校，由尼唐仲钦·罗桑嘉措（《宇妥·云丹贡布传》作岭兑尼唐·洛桑坚赞）任教师，在布达拉红宫的拉望觉，建立了降卧囊索医学校，并下令西藏地方各县选派一人入校学习。这些医学专业学校的建立，为培养藏族医学人才发挥了积极地作用。

   　第巴·桑杰嘉措本人对医学很有讲究，他阅读了大量的医学书籍，对《四部医典》更加深入研究，作了修订，并撰写《蓝琉璃》一书，对《四部医典》作了详尽注释。他还写了《藏医史》等，对当时和后世都有很大的影响。

   　 18世纪后期，著名藏药学家旦增彭措到藏族很多地区进行了广泛调查，收集各种药物标本，对藏族的历代医药著述加以深入考证，然后编写了《无垢水晶宝鬟》或叫《晶珠本草》一书，对药物产地、性味、功效等作了详尽的论述。此书集藏族药物之大成，是藏族药物学极为重要的著作。

　　20世纪初，十三世达赖土登嘉措（1895-1933年）时，西藏山南地区的钦饶诺布写信给达赖，请求拨给款项建立一所医学和天文历算学校。达赖批准后，便于1915年（有的记为1916年），在XXX附近的丹吉林修建了门孜康（意译：医药、历算学校）。西藏地方政府下令各地寺庙皆须派一人前来学习医学和天文历算学。学校制定了严格的学习考试制度和作息时间，还制定了每年定期到山野去采集药物和辨认草药的制度。每届学制六年，考试不及格的可留校继续学习。毕业后，一般都回到各自地区行医治病。